La pulitura con sistemi a base acquosa risulta lontana dai problemi di tossicità associati a certi solventi organici e permette di intervenire sul pH delle soluzioni e con principi attivi specifici (tensioattivi e chelanti) in grado di agire con più selettività e spesso con un maggior rispetto dell'integrità dell'opera. Anche in questo caso le operazioni sono precedute da opportune prove preliminari che permettano di valutare gli effetti e possono essere addensati e supportati con materiali differenti che garantiscano la controlabilità della penetrazione e una più ampia scelta nei tempi di contatto.